원고는 20**년 부동산을 취득하고 취득세 등을 신고 납부하였습니다. 이후 피고인 부산광역시 **청장은 해당 부동산의 지하 1층 유흥주점이 고급오락장에 해당한다고 판단하여 중과세율을 적용한 취득세 등을 부과하였습니다. 원고는 이에 대해 조세 심판을 청구하였고, 조세심판원은 일부 세액을 금원으로 경정하도록 결정하였습니다.

원고 1, 원고 2는 부부이며, 원고 2는 치과의원을 운영하는 치과의사, 원고 1은 원고 2의 직원이었습니다. 부산지방국세청은 원고 1이 치과의원을 실제로 운영하는 사업자라며 치과의원 운영 과정에서 발생한 부가가치세에 대한 부과 처분을 하였고, 원고 1은 실제 운영자가 아님을 주장하며 위 부가가치세 부과 처분에 대한 취소를 구하였으나 원심에서 패소하였습니다.

원고는 건축자재 판매 및 제조업 등을 목적으로 하는 법인으로, 회생절차 개시 신청을 하여 회생 개시 결정과 회생계획인가결정을 각각 받았습니다. 원고는 회생계획안에 따라 A회사에 대한 회생담보권 중 일부를 출자전환하고 회생채권 중 일부를 출자전환하면서 신주를 발행하였다가 20대1의 병합과정을 거쳐 8,178주를 A회사에게 교부하였습니다. A 회사 울산사업장은 울산세무서장에게 원고에 대한 회생채권 중 출자전환으로 교부받은 주식(8,178주 중 1,103주, 이하 ‘이 사건 주식’이라 함)의 시가와 출자전환 회생채권의 장부가액과의 차액 상당 대손이 발생하였다고 주장하면서 부가가치세 경정청구를 하였고, 울산세무서장은 법인세법 시행령 제89조 및 상속세 및 증여세법 제63조에 의한 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식의 시가를 평가한 결과 “0원”으로 평가되었음을 근거로 ‘출자전환 회생채권의 장부가액’과의 차액을 부가가치세법 제45조에 의한 대손세액 공제특례 대상으로 보고 A회사 울산사업장에 대하여 대손세액의 경정결정을 하였습니다. 울산세무서장이 위 경정결정에 따라 피고(북부산세무서장)에 대하여 대손세액 공제자료를 통보하자, 피고는 이 사건 대손세액의 원고의 매입세액에서 공제하여 원고에게 이 사건 부가가치세를 경정, 고지하였습니다. 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였으나 기각되었습니다.